尿道炎首先应与淋病性尿道炎区别，淋病性尿道炎是一种特异性感染的性病，尿道有脓性分泌物，脓液涂片染色检查可见在分叶核粒细胞内有革兰氏阴性双球菌。其次，应与非淋菌性尿道炎及滴虫性尿道炎区别，女性容易在阴道内找到滴虫，而在男性不易找到滴虫，常需在包皮下、尿道口分泌物、前列腺液以及尿液中检查有无滴虫，作出诊断。Reiter症候群除尿道炎外，同时有结膜炎和关节炎。

    尿道急性炎症时，尿道外口红肿，边缘外翻，粘膜表面常被浆液性或脓性分泌物所粘合，有时有浅溃疡。镜下可见粘膜水肿，其中有白细胞、浆细胞和淋巴细胞浸润，毛细血管扩张，尿道旁腺体充血或被成堆脓细胞所填塞。

    慢性尿道炎病变主要在后尿道、膀胱颈和膀胱三角区，有时蔓延整个尿道。尿道粘膜表面粗糙呈暗红色颗粒状，因有疤痕收缩，尿道外口较正常小。镜下可见淋巴细胞、浆细胞和少数白细胞，纤维组织母细胞增加。